Il concilio prese importanti decisioni anche sul piano disciplinare. Al centro della nuova struttura della Chiesa tridentina furono posti i vescovi, che fino a quel momento avevano spesso considerato le loro diocesi come semplici benefici, talvolta senza nemmeno risiedervi e curandosi assai poco dei doveri pastorali. Il nuovo sistema assegnava agli ▶ ordinari nuovi compiti:
- preparare culturalmente e spiritualmente il clero nei seminari, istituti ecclesiastici di formazione e istruzione;
- effettuare visite annuali (“pastorali”) nella circoscrizione loro assegnata;
- esercitare un controllo della vita delle comunità parrocchiali, delle condizioni dei luoghi di culto, del rispetto delle regole nei monasteri e negli altri istituti religiosi (la clausura veniva spesso disattesa e gli scandali erano frequenti);
- svolgere attività missionarie nelle campagne e nei centri abitati;
- sorvegliare l’opera e le strategie dei predicatori.
Ai parroci fu richiesto di registrare su appositi registri i battesimi, i matrimoni, le morti; fu inoltre loro imposto di sorvegliare il rispetto del precetto pasquale da parte dei fedeli, chiamati a confessarsi e a ricevere l’eucarestia almeno una volta l’anno.