«È stata un gran flagello questa peste; ma è stata anche una scopa; ha spazzato via certi soggetti, che, figlioli miei, non ce ne liberavamo più», sostiene don Abbondio nel finale del romanzo. In effetti il morbo ha una funzione risolutiva nella vicenda, poiché grazia i due fidanzati e condanna invece a una morte orribile il loro avversario, don Rodrigo. Sarebbe tuttavia semplicistico considerare l'epidemia un semplice strumento della Provvidenza. Quest'ultima viene continuamente evocata dai personaggi per giustificare o spiegare quanto capita, ma la loro ingenua fiducia non appartiene evidentemente al narratore, che evita di banalizzare la volontà divina e di piegarla ai fini di una vicenda esemplare. Manzoni, di fatto, non crede all'identificazione di rettitudine e felicità: Dio, nella sua onnipotenza, colpisce anche gli innocenti, secondo tempi e modi a noi incomprensibili; è necessario abbandonarsi alla Grazia, consapevoli che anche la sventura può essere «provvida», nella misura in cui consente all'uomo di assicurarsi un posto in Paradiso.
È questo l'approdo dei percorsi di formazione dei due fidanzati. Renzo riesce a scacciare la tentazione di farsi giustizia da solo, con la violenza: dopo avere visto con i propri occhi, a Milano, la "follia della folla", bestialmente eccitata dalla violenza, e la degradazione della peste, concede il perdono a don Rodrigo. Lucia, per parte sua, scopre che l'innocenza non basta, come ingenuamente credeva: il male coinvolge anche chi è senza colpe. I guai arrivano anche se uno non se li va a cercare, «ma la fiducia in Dio li raddolcisce, e li rende utili per una vita migliore»; è questo, commenta il narratore, «il sugo di tutta la storia», che non si chiude su un tradizionale lieto fine, proprio perché i due protagonisti hanno fatto esperienza dell'ingiustizia. Il finale del romanzo infatti non ristabilisce le condizioni di partenza: ad attendere Renzo e Lucia non è un idillio nel paese natio, ma il trasferimento nella Bergamasca, dove essi avviano una vita di famiglia operosa e serena.